Erscheinungsjahr 2013
Länge Kinofassung: 110 Minuten
Extended Action Cut: 123 Minuten
Altersfreigabe FSK 16
Budget 185 Millionen USD
Die Handlung von G.I. Joe – Die Abrechnung knüpft an die Handlung von Geheime Mission Cobra an und setzt sie fort. In diesem Film hat Zartan den Präsidenten der Vereinigten Staaten ersetzt und ihn als Geisel genommen.
Der sogenannte „Präsident“ beschuldigt die G.I. Joe-Elitetruppe des Diebstahls von Atomwaffen und ordnet einen Militärschlag an, bei dem die meisten Mitglieder des Teams getötet werden.
Duke, der Kommandant, wird bei demselben Attentat ebenfalls getötet.
Während sich einige Mitglieder des G.I. Joe-Teams auf den Weg in die Hauptstadt machen, trainieren andere mit dem Blind Master, um sich auf einen Angriff auf Storm Shadow vorzubereiten, von dem man annimmt, dass er für den Tod von Hard Master verantwortlich ist.
Inzwischen gelingt es Firefly und Storm Shadow, Cobra Commander zu befreien. Sein böser Plan ist es, Cobra die vollständige Macht über den Planeten zu geben, indem er die Hauptstädte der Erde mit geheimer Satellitentechnologie zerstört.
Die verbleibenden G.I. Joes treffen sich mit General Joseph Colton, der sich überreden lässt, aus dem Ruhestand zu kommen, nachdem die drei ihm den Beweis geliefert haben, dass der Präsident der Vereinigten Staaten ersetzt wurde.
Währenddessen nehmen Snake Eyes und Jinx Storm Shadow gefangen. Es stellt sich heraus, dass Zartan derjenige war, der den Hard Master getötet hat. Storm Shadow schließt sich daraufhin den Joes an, um Rache zu nehmen.
Am Ende gelingt es Roadblock, die Kontrolle über das Satellitenabwehrsystem von Firefly zu übernehmen, so dass er es deaktivieren und zerstören kann.
Zartan wird nach einem erbitterten Kampf von Storm Shadow getötet. Dem Cobra Commander gelingt die Flucht, aber Storm Shadow verschwindet ebenfalls. Die verbleibenden Joes werden vom Präsidenten wieder eingesetzt und als Helden geehrt.
Das G.I. Joe-Team ist am Ende siegreich, aber zu einem hohen Preis. Duke ist tot, und Storm Shadow ist verschwunden. Der Cobra Commander ist entkommen, aber die G.I. Joes sind wieder als Helden eingesetzt worden. Der Film endet mit einer bittersüßen Note, denn das Team trauert um seine Verluste, auch wenn es seinen Sieg feiert.